Какие-то гены кодируют те вещи которые регулируют «считывание» других генов.
Это могут быть сигналы для межклеточного «общения», (то-есть если одна клетка производит какой-то сигнал, это влияет на считывание генов у других клеток) так и модификация «указателей» на самом ДНК (не являющихся частью самого ДНК) которые «определяют» какой ген, какая его версия* и в каких количествах будет «считываться».
Также внутри клетки есть «машины» (тоже кодируемые генами) которые модифицируют другие белки, делая их более или менее активными.
Как уже было сказано в другом ответе: на одну характеристику фенотипа могут влиять много разных белков.
Яркий пример всего этого - цвет глаз, где в производстве и транспортировке пигмента (меланина) задействовано несколько различных белков произведенные и регулируемые ещё большим количеством генов, мутации в которых приводят к вариациям в цвете.
Один из простых ответов заключается в том, что на проявление определенного признака (фенотипа) у организма может влиять не один белок, а множество разных белков, которые соответственно кодируются разными генами.
