Я не специалист, но слышал, естественно, про это стандартное объяснение: царь Иван Грозный послал купцов Позднякова или Коробейникова или обоих сразу исследовать Восток, кто-то из них написал книгу и заодно привез много разного, включая крокодилов. Какая-то авария или разбойники, epic fail, крокодилы расползлись. Если это было весной, то еще могли и размножиться до холодов. В общем приквел "Роковых яиц" Булгакова. Понятно, что звучит как какое-то идиотское голливудское кино, но если отбросить версию о том, что летописец допился до белой горячки, то по-моему наиболее реалистичное объяснение. Вы считаете, что оно исторически несостоятельно?
В чём подвох вопроса? Согласно этимологическому словарю Фасмера "коркодилъ" заимствовано церковнославянским напрямую из греческого κροκόδειλος (krokódeilos).