Скорее всего силовикам было просто все равно, и о каких-то будущих прямых доказательствах никто из них не думал. Бросить пустую трубу после выстрела - обычная практика любых вооруженных сил.
А государство у нас совсем не стесняется отрицать даже очевидные прямые доказательства, это же не новость. Если у тебя в кармане суды и телевизор, можно соорудить альтернативную реальность, где доказательств нет. Так-то в Беслане не то что гранатометы, а вообще танки стреляли по дому с заложниками.