В первую очередь, нужно лечить заболевание, приводящее к гипертрофии. Если это гипертония - то контролировать АД, если аортальный порок - корректировать его по показаниям операционно, если это ассиметричная гипертрофическая кардиомиопатия - по показаниям оперировать. В целом, препаратами выбора для профилактики осложнений являются бетаблокаторы.