Учить их постепенно, как учат японские дети. Писать прописи и идти от простых иероглифов, пиктографического происхождения (наскальные рисунки и одновременно основная лексика первых люде), до более сложных. Плюс к этому, тренироваться читать иероглифы в текстах.
Есть хороший учебник Basic Kanji Book очень хорош для начинающих, самому можно разобраться.
По поводу чтений и "не запутаться". Прочитайте книгу Кадзуаки Судо "Японская письменность от истоков до наших дней" не бойтесь страшных китайских текстов, просто прочтите как интересную книгу. И вы поймете, как долго трансформировались иероглифы и что китайские и японские чтения иероглифов применяются строго (ну почти строго) в таком порядке - сам иероглиф чаще всего читается по японски (кунное чтение, или нижнее в некоторых учебниках, в Basic Kanji Book он всегда хираганой пишется), а сочетания иероглифов читаются по-китайски (онное чтение, пишется в том же самом учебнике катаканой), так как это цельное заимствованное слово.
Но, все же есть и иероглифы, составленные японцами, например как 畑 у которого нет верхнего чтения, и есть иероглифические сочетания, которые читаются по нижним чтениям. Посему, нужна практика и учебники, которые подписывают чтение на более простых уровнях.