Фактически процесс создания процессора чем-то напоминает проявку фотографии или выжигание лупой по поверхности в зависимости от способа.
При шаблонном способе создаётся некий "трафарет" топологии и затем он проецируется на кремниевую подложку со слоем резиста, на котором и проявляется.
В более современном бесшаблонном варианте рисунок микросхемы формируется излучением. От лазерного до рентгеновского.
Касательно транзисторов, не обязательно он должен выглядеть как деталь в корпусе и с тремя контактами, например. Главное, чтобы выполнялся всё тот же p-n-p переход