В бронхах и трахеях постоянно образуется слизь, с которой выводятся мелкие посторонние объекты, пылинки, частицы вдыхаемых веществ. Этой слизи не очень много, она выводится незаметно, человек ее проглатывает, а в желудке все нейтрализуется желудочным соком.
Во время болезней организму нужно вывести в разы больше лишнего: токсины, микробы, отработанные клетки, гной. Поэтому усиленной выделяется слизь - мокрота, человек кашляет - это способ быстрее вывести из органов дыхания лишнее и очистить их.