Ну, примерно так же, как и заболевания в острой фазе.
Хронические заболевания проявляются рядом субъективных и объективных показателей. Первые включают в себя жалобы больных на то или иное нарушение. Вторые - данные физикального обследования, лабораторной и инструментальной диагностики. Для наиболее распространенных хронических заболеваний существуют клинические рекомендации по диагностике и лечению. Для многих заболеваний существуют довольно-таки строгие диагностические критерии.
Приведу пример( просто потому, что не совсем понимаю, о чем вы спрашиваете): хронический бронхит. Больного беспокоит постоянный кашель с мокротой. Он идет к врачу. Сначала выясняют жалобы больного: диагноз "хронический бронхит" ставится только в том случае, если пациента беспокоит кашель с мокротой на протяжении большинства дней на протяжении 3 месяцев подряд в течение 2х лет подряд. Это главный диагностический критерий, который позволяет лишь отвергнуть диагноз хронического бронхита. Дальше собирается анамнез. Оценивается текущее состояние пациента на момент обращения. Проводятся физикальные исследования: пальпация, перкуссия, аускультация легких. Дальше - лабораторная и инструментальная диагностика: посев мокроты, ОАК, ОАМ, рентгенограмма грудной клетки, бронхоскопия (возможно с биопсией), оценка функции внешнего дыхания. Если полученные данные больше всего напоминают ХБ, и если исключены другие заболевания, которые могли бы вызвать такие жалобы, устанавливают диагноз ХБ с указанием характера воспаления, степени функциональных нарушений, течения, фазы процесса и наличия осложнений.