Япония была аграрной, потому что была закрытой страной. Как только Япония стала открытой страной и вышла на международный рынок, выяснилось, что сельхоз продукция из Японии не нужна. Маленькая территория требует того, что бы продукция была с высокой добавочной стоимостью, потому что нет достаточного количества продукции с низкой добавленной стоимостью.
Самый исчерпывающий ответ можно найти в книжке "How Asia works" - там очень подробно описаные две успешные аграрные реформы (мейджи и послевоенную, проведенную Американцами) и процесс "индустриализации". Удачного чтения.