Известны ли в Средневековье достоверные случаи, когда инквизитор начинал испытывать симпатию к подозреваемой в колдовстве и спасал её от пыток и казни?

Сложно в это поверить, но инквизиторы всегда относились к ведьме с симпатией, но со своими особенностями. Надо не путать те инквизиционные процессы с линчеванием обезумевшей толпой, как это было в Новое время, до XIX века включительно. 

Дело в том, что её вина была в контакте с Дьяволом и его слугами. Это было чревато очень серьёзным последствиями после смерти. Коротко говоря: вечными мукам. Инквизиторы испытывали очень глубокое (и, наверное, искреннее) сопереживание душам несчастных женщин и поэтому во что бы то ни стало требовали сознаться в контакте с Дьяволом (обычно это скрывали). Если она сознается, то её можно будет сжечь - эти муки отчистят её душу - и отпеть. Это важно. Как и признание и раскаяние. Было, что ведьма создавалась, но не раскаивалась. Значит, муки допросов привели к сильному психическому расстройству, так как все таки люди были богобоязненными. Это очень усложняло жизнь священникам, так как трудно просить Иисуса и Деву Марию сжалиться в такой ситуации. 

"Отмазывать" они её не могли, так как в их представлениях они итак "отмазывали" её от чего-то более ужасного. Единственное, они могли сомневаться и затягивать процесс. Так было в случае, описанном Карло Гинсбургом в "Заметках об одном инквизиционном процессе 1519 года"  (сборник Мифы - Эмблемы - Приметы). 

Откуда такая уверенность в контакте с Дьяволом. Дело в том, что в Средневековье были распространены видения, стигматы и прочие послания от Бога. У теологов были целые теории о том, что эти послания могли быть подделаны Дьяволом с помощью сна или иллюзий. Тогда христианин, а чаще христианка, попадали в дьявольские лапы. Например, Жанна Д'арк утверждала, что имела послание от Бога, но была, как известно, сожжена. Те, кто желал ей избежать такой смерти, полагали, что она действительно имела послания от Бога. 

Риск, что в ваши ощущения вмешается дьявольская сила, довольно долго воспринимался всерьёз. Отчасти именно это подтолкнуло математика Декарта критически относиться к эмпиризму. 

Пренебрежение земными страданиями во имя спасения выстебал Мартин Скорсезе в фильме "Молчание"