В последнее время, на новых операционных системах с реально работающей поддержкой Unicode - в общем-то все равно, чем пользоваться.
Но вот далеко не все программное обеспечение такое умное. Так что зачастую бывает, что в "Проводнике" все OK, а в какой-нибудь программулине либо "кракозябры", либо файл не виден, либо не открывается...
Поэтому лучше использовать "общий знаменатель" - латинские буквы, цифры. Переносимее.
В названиях файлов точно, а внутри программ не всегда имеет смысл. Не раз сталкивался с проблемой, что из-за названия папки, файла кириллицей программа просто отказывалась работать.