Если Вы получаете на свой счет деньги за товар с доставкой, то в общем случае вся эта сумма является базой по УСН 6% и именно с нее Вы исчисляете налог. Однако, если с курьером у Вас правильно составленный агентский договор, то при определенных условиях сумма услуг курьера может вычитаться из налогооблагаемой базы.