Формирование расщелины верхней губы и нёба имеет генетическую предрасположенность. Но такая аномалия может сформироваться и при "здоровых" родителях, если на 4-8 неделе беременности действовал патогенный фактор ( стресс, курение, отравление и т.п.), который привёл к нарушению миграции клеток, а значит процесса срастания верхнечелюстых отростков и/или нёбный отростков.