Въездные визы работают следующим образом. Если со страной, куда вы въезжаете, для граждан страны, гражданином которой вы являетесь нет безвизового въезда, то вам нужна виза. А откуда вы въезжаете - это без разницы, хоть из Зимбабве.
По моим сведениям, для въезда гражданину России в Израиль виза не нужна. Въезжайте по своему российскому загранпаспорту хоть из Азербайджана, хоть из Гондураса.
Если у вас безвизовый режим и с Азербайджаном и Израилем или виза выдается при въезде на самой границе, в таком случае кроме загран паспорта вам ничего не потребуется, главное не задерживайтесь дольше позволеного срока.