Если говорить о книгах независимых издательств, то например магазины Порядок слов, Все свободны, Фаренгейт 451, Хувентуд.
Если же в приоритете старая книга или советские издания по бюджетным ценам, то существует уйма букинистических лавок и магазинов, вот несколько: Библиофил (Лиговский пр., 120), Искатель (наб. р. Мойки, 51) , Старая книга (Гороховая, 39) Букинистический на Литейном (Литейный пр., 61, во арке по пути во второй двор). В таких букинстах можно купить Фолкнера, Апдайка, Голсуорси по совсем низким ценам, в пределах 100 руб. Не говоря уже о советских авторах. Встречаются также интересные издания 90-х годов и куча специализированной литературы.
Вообще если есть карта "Буквоеда", то там бывают отличные акции, и часто есть стенды с распродажами. А чтобы совсем дешево, наверное, на блошиных рынках и на уличных стендах, только не в центре))