В нашей стране направление альтернативной энергетики практически не развито, поэтому вам нужно обратить свои взоры на страны, где она активно разрабатывается, например, Дания и Германия.
Иногда к альтернативной энергии относят ядерную энергию. Если вас интересует это направление, гуглите, например, "химическую технологию материалов современной энергетики". По нему точно готовят специалистов в таких ВУЗах, как РХТУ, ТГУ, СПБГТУ. Впрочем, как говорит директор соответствующего подразделения в РХТУ, "Менделеевка - единственный ВУЗ на территории РФ, где у студентов есть разрешение на работу с исследовательским ЯР и радионуклидами".
Что до солнечной, приливной, геотермальной и прочей альтернативной энергетики, могут подойти такие специальности, как "Энерго- и ресурсосберегающие технологии" и непосредственно "Альтернативная энергетика". В РУДН на экологическом факультете есть направление подготовки "Энерго- и ресурсосберегающие процессы в химической технологии, нефтехимии и биотехнологии", там собственно и есть профиль альтернативной энергетики. Не уверена, честно говоря, что этот ВУЗ можно назвать ведущим в отрасли, но как вариант. На инженера по солнечной энергетике учат в МГУ и РГУ нефти и газа.
В общем, подводя итог, вам нужны такие специальности, как "технология материалов современной энергетики" и "энерго- и ресурсосберегающие технологии", они есть во многих инженерных ВУЗах, если как следует покопаться.