Довольно много вузов открывают на базе своего исторического факультета магистратуру по исторической антропологии. О качестве образования где-либо ничего особо сказать не могу, но, например, в ВШЭ, кажется, есть очень неплохая программа, в МПГУ точно есть. Вообще, стоит просто по истфакам погуглить, скорее всего, там, где есть истфак, там есть и направление антропологии в магистратуре.
Сам из вышки, у нас тут, к сожалению, только магистерская программа "философская антропология" (то есть просто философия).