Всё зависит от выбранной специальности (направления подготовки). Общее правило: чем больше город, тем лучше качество высшего образования и его выбор. Но как из любого правила, здесь есть исключения. Даже в очень небольших городах встречаются "сильные" вузы по отдельным профилям. Особенно это касается военных, правоохранительных, аграрных и некоторых других специальностей. Также советую обратить внимание на федеральный или национальный исследовательский университет, если такой есть в вашем городе. В последние годы государство вбухало в них много денег.