Выше уже вскользь поднималась тема независимых книжных. Я крайне удивлен, что из московских книжных не упомянули Фаланстер (http://falanster.su/) и Циолковский (http://primuzee.ru/#). Помимо адекватных цен на свежий нон-фикшн, огромнейшим достоинством этих магазинов является его годная подборка. Последние несколько лет я покупаю новые книги, выбирая их почти исключительно из анонсов новинок в паблике Циолковского (https://vk.com/tsiolkovky) (художественную литературу я обычно читаю в электронном виде).
Про другие независимые книжные лично мне сказать нечего, поскольку я в них не был, но не дать ссылок не могу - страна должна знать своих героев (почерпнул из постов и страниц в социальных сетях):
Москва - Ходасевич (https://vk.com/xodacevich)
Петербург - Порядок слов (https://vk.com/wordorder)
Петербург - Факел (https://vk.com/fakelbooks)
Петербург - Фаренгейт 451 (https://vk.com/frngt)
Петербург - Все свободны (https://vk.com/vse_svobodny)
Пермь - Пиотровский (https://vk.com/club14470892)
Екатеринбург - Йозеф Кнехт (https://vk.com/josephknecht)
Казань - Смена (https://vk.com/smena_book)
Ставрополь - князь МЫШКИН (https://vk.com/myshkinbooks)
Прошу прощения, что дал только ссылки на странице вконтакте, у большинства (может и у всех) из этих магазинов есть и собственные сайты. (все от праздности)