По сути вопроса о расположении напольной плитки в отношении настенной, вы понимаете правильно настенная плитка должны перекрывать напольную, кроме случаев когда производится замена или облицовка пола при уже полностью уложенной на стены плитке. Грамотный плиточник, что бы не загаживать уложенный пол, начинает с облицовки стен, но со 2-го ряда, закрепив на стене специальную рейку, закончив с укладкой стены, приступает к укладке пола, а потом докладывает нижний ряд, который и перекрывает собой напольную плитку.
Оси линий совпадают, приэтом их толщина - нет, из-за этого кажется, что настенная плитка выступает вперед, но нет, просто начальная плитка делается цельной и укладывается вплотную к стене. Никаких специальных хитростей там нет