Ну самое главное это конечно знаменитое Метро-2 или Д-6. Предполагается, что это система подземных бункеров, связанных между собой. Ну подробнее посмотрите в Википедии, там хорошо расписано. Существует система от Кремля до бывшей ближней дачи Сталина - связывает Кремль, ряд других объектов. Существует тоннель к стадиону Измайлово. Предположительно есть линия Совмина. Так же возможно есть линия, соединяющая спецобъекты МО и КГБ.
Самыми секретными станциями московского метро являются станция Замоскворецкая на Горьковско-Замоскворецкой линии и станция Покровская на Арбатско-Покровской линии.
Этих станций нету.
Это лишь заделы под станции, которые были отменены ради ускорения строительства и экономии.
Нет. Если такие станции и ветки есть, и если они даже соединяются с линиями Московского Метрополитена, то к Московскому метрополитену они отношения не имеют.