Безусловно, преимущества есть и в получении профессиональной переквалификации, и в получении магистерской степени по профилю. Все напрямую зависит от желаемой должности и требований к ней.
Профессиональная переквалификация даст возможность относительно быстрого получения недостающих навыков, а также диплома, их подтверждающего. После чего Вы сможете претендовать на желаемую должность.
Профессиональная переквалификация подразумевает профессиональное обучение на базе уже имеющегося образования, высшего или средне-специального, так же, как и магистратура.
Например, требования к должности "Методист дополнительного профессионального образования" позволяют претендовать на эту должность лицам с высшим педагогическим образованием (бакалавриат) и дополнительным профессиональным образованием в области методической деятельности. А также лицам, имеющим высшее образование (специалитет или магистратура), но так же с дополнительной квалификацией в области методической деятельности.
То есть, должность может включать требования и к высшему образованию, и к дополнительной квалификации. Именно поэтому для принятия решения о выборе уровня получения квалификации необходимо ознакомиться с требованиями к потенциальной желаемой должности.
Я, к примеру, имею высшее педагогическое образование (бакалавриат) и прохожу программу профессиональной переквалификации на направлению "Педагогика профессионального дополнительного образования", чтобы осуществлять деятельности педагога-методиста в области подготовки преподавательских кадров.