Некоторые наушники имеют особую форму, чтобы удобнее сидеть в ухе. Но если вы перепутаете их то удобства не почувствуете, а даже скорее дискомфорт. Еще конечно же подача звука, если вы играете в игры, то вам порой может быть весьма важно услышать звук именно справа, но если перепутать, соответственно вы услышите звук слева, а это чревато потерей игрового прогресса.
безотносительно стереоэффектов разница в нашниках возможна даже в моно, поскольку динамики могут иметь разную чувствительность и характеристики, так что один канал в итоге будет звучать чуть громче, глуше, звонче