Есть блокнот, есть ручка. Пишу заголовок - название того, что читаю или какую лекцию слушаю. Цитаты пишу с красной строки, непонятные слова беру в поля, обозначая так: "//…//"
Структура проста и незатейлива. Строить сложные структуры - дело перфекционистов. Чем проще оформление, тем быстрее и проще воспринимать.