До недавних пор самолёты Як-42Д (хоть они и не сами по себе 40-е, а их модификация) использовались авиакомпанией «Ижавиа».
По какой-то причине перевозчик, когда уже почти все летали на современных самолётах, не мог позволить себе не то что купить новый самолёт — взять в лизинг не мог. Но в 2019-м году история поменялась, ЯКи постепенно стали заменять на Боинги.
В 2021 году авиакомпания планирует полностью отказаться от Як-42Д.
А если брать прям ровно 40-е, то, как уже сказали, ими владеют Вологодское и Камчатское авиационные предприятия. С Камчаткой более-менее понятно, им особо-то новые самолёты не нужны:
А вот Вологодские ребята летают в Питер. И им бы что-то посовременнеей, что ли.