В России единственный гражданский эксплуатант, выполняющий полет на данном типе - это Вологодское Авиапредприятие. На 2021 год, у них 5 "Яков" (согласно сертификату - 6).
Можно купить билет и запросто слетать из Внуково в Вологду, или в Санкт-Петербург. https://avia35.ru/for-passengers/timetable/
Самолеты ухоженные, и еще полетают. Но если хочется слетать, лучше торопиться - никто не знает, когда могут отозвать сертификат или не продлить СЛГ.
Также Як-40 вписан в сертификаты эксплуатанта: ПАО "АэроБратск" (4 шт); "Газпром-авиа" (там 1, и он действительно, иногда летает! Но это корпоративный самолет, по сути); Камчатское АП (2 шт); и "Россия СЛО" (3 шт).
Реестр самолетов имеется тут: https://russianplanes.net/planelist/Yakovlev/Yak-40, но он не совсем актуальный. Но в целом, представление даёт верное.