Я думаю, это зависит от того, сколько Вы уже занимаетесь этим. Если начали недавно - то дело может быть в привыкании, перестройке организма. В таком случае это должно в скором времени исчезнуть. Если же Вы бегаете уже достаточно долго, но спина всё равно болит - то обратите внимание на правильную технику бега. Вероятно, есть какие-то несоблюденные правила. Крайний случай, который я отсеивать не хочу - болезнь, связанная с опорно-двигательной системой. В любом случае я советую обратиться к врачу, если боль никак не будет проходить.