Лучше всех себя будут чувствовать Иудаизм, Ислам, все варианты Индуизма и Буддизм — им факт наличия инопланетного разума ни в какой степени не противоречит.
Возможно, будут какие-то проблемы с мэйнстримовым христианством, и то не уверен: Римский Папа "подстроится" и "адаптируется", как и Архиепископ Кентерберийский и Константинопольский Патриарх.