Если у мужа есть жилье, то при разводе он все равно будет претендовать на долю второго жилья, купленного за материнский капитал?

Смотря какой муж. Будет или не будет - зависит от него. А вот право имеет точно. Квартира куплена в браке, это совместно нажитое имущество. И даже, если при покупке он отказался от доли в квартире по мат.капиталу, право на часть имущества осталось.