Существует несколько идей по этому поводу.
Уточню: я не утверждаю что все что я дальше напишу является правдой, я лишь озвучу некоторые мысли по этому поводу, проверить их истинность или ложность мне возможным не представляется.
Вариант 1: Время между воплощениями.
Возможно, что, скажем, 10 тыс. лет назад души воплощались с интервалом между воплощениями в 1 тыс. лет. При относительно малом количестве населения, одномоментно была воплощена лишь небольшая часть душ. С ростом населения интервалы между воплощениями сокращались, и таким образом увеличивалось не количество душ, а доля их воплощенности.
Вариант 2: Души воплощаются в нескольких людях.
Души развиваются, "тренируются", и потихоньку научились воплощаться сразу в нескольких людях. Если, например, Вишну, мог иметь несколько аватар сразу, то почему бы и душам не освоить этот прием?
Вариант 3: Души увеличивают свое количество.
Слово "размножаются" тут не очень подходит, имхо, но, возможно, что-то подобное происходит. Этот вариант хорошо сочетается с вариантом 2: души развиваются, учатся одновременно воплощаться в нескольких людях, ну а потом те части, "ответственные" за отдельных людей, развиваются в отдельные души.
Вариант 4. Появляются новые души, например из числа бывших высших млекопитающих.
Т.с. в рамках глобальной эволюции сознания.
При желании вы можете скомбинировать эти идеи.
Я рассматривал возможную альтернативную реальность. Мне интересно как именно в каждом человеке получается по душе.