Если слова логотипа написаны в столбик, а брендбук устарел лет на 10, возможно ли писать их в одну строчку и сделать новый брендбук?

Да почему бы и нет, собственно. Если старый товарный знак зарегистрирован, Роспатент без малейших проблем зарегистрирует и новый, даже в отношении тех же товаров и услуг, они не тождественно, а сходны до степени смешения. Если старый знак не зарегистрирован - начинайте с самого начала.