Маловато информации, но попробую ответить.
Уголовное дело может быть прекращено по реабилитирующим, либо нереабилитирующим основаниям.
В первом случае, а именно: по причине прекращения дела в связи с отсутствием состава/события преступления, либо в связи с декриминализацией преступления (признанием деяния непреступным), равно как и в случае вынесения оправдательного приговора, обвиняемый/подсудимый получает право на реабилитацию и государство восстанавливает права и свободы незаконно подвергнутого уголовному преследованию гражданина. При этом возмещается причиненный материальный/моральный вред.
Таким образом, при изложенных обстоятельствах, побег из под стражи мог бы быть «прощен»; уголовное дело по ст. 313 УК РФ также могли бы прекратить.
В иных случаях (прекращение УД в связи с примирением с потерпевшим или деятельным раскаянием) будет возбуждено новое уголовное дело по ст. 313 УК РФ (Побег из под ареста) и назначено наказание, соответственно.
Даже если дело прекратят по каким-либо основаниям, но Вы, в ходе этого дела, сбежите из под ареста, то Вам придется нести наказание за побег из под ареста.