Есть расхожий афоризм (не русский, если что): "В окопах не бывает атеистов".
Да и традиции по окроплению кораблей слишком древние. Моряки и лётчики в целом очень суеверны ибо вернуться они или нет зависит от большого числа факторов, поэтому "божественная" поддержка лишней не будет. И пусть мы давно не верим в древних богов, но потребность никуда не делась.
И не стоит путать светское государство и атеистичное. Вам никто не навязывает во что верить и в какую церковь ходить. И летать на таких ракетах, самолётах и ходить на кораблях вас тоже не заставляют.
Еще на светском долларе написано "In God we trust".
Ответ один и очень простой - попытка навязать национальную идею и духовно сплотить население, только господа наши забыли как горели церкви в начале прошлого века и как людей отрекаться заставляли...)