Уже доводилось отвечать на очень похожий вопрос, только про самолёт. Корабль в нейтральных водах будет частью территории государства, под флагом которого следует. Но далеко не все государства дают гражданство по "праву почвы" - факт рождения на территории государства может иметь значение, а может и не иметь. Скажем, в России факт рождения на территории страны практически не играет роли (только если у ребёнка один из родителей - российский гражданин, а другой - нет, процедура приёма в гражданство будет чуть более сложной при рождении за пределами РФ). В самой известной стране, придерживающейся "права почвы" - США - рождение на американском самолёте или корабле в нейтральных водах не считается рождением на территории страны, так что желающие таким образом обзавестись "ребёнком-якорем" могут быть свободны. Гражданство ребёнка будет определяться по гражданству его родителей, если не брать ситуации с брошеными детьми.
В случае, если ребенок родится в нейтральных водах, вероятно, что гражданство будет зависеть от: 1) Гражданства матери 2) К какой стране принадлежит судно, на котором родился ребенок.