Если провоз багажа не входит в стоимость билета, можно ли будет не покупая билет с багажом, просто доплатить за багаж на регистрации?

Да, в тот момент, когда сдаете чемодан (check-in) и оплатите, наличными или карточкой. Тот же процесс, как если чемодан слишком тяжелоый, или больше чемоданов, чем бесплатно можно с билетом.