Платит. ООО получило С НДС (что следует из ОСНО, на которой находится ООО). ИП счет-фактуру не выставляет, т.к. находится на УСН, следовательно у вас не будет основания показать в отчете по НДС сумму к уменьшению и ИП не сдает отчетность по НДС. Ваш НДС идет в разряд причитающегося к уплате налога. Но можно постараться "набрать" других платежей с НДС (типа за материалы и т.п.), подходящие именно к данному договору и подтвержденные счетами-фактурами других контрагентов. Но тогда внимательней с налогом на прибыль! Не сделайте перебор с убытком ))) Если у вас этот договор единственный за отчетный период, то будет сложно. Если были еще договоры, то можно снизить НДС за счет других договоров.
ООО получает деньги за услуги, облагаемые НДС по обычной ставке? Если да, то платит. Если нет, то нет. Всё просто, от контрагента не зависит. ЗАвисит лишь, сможет ли это ООО вернуть НДС