Если Крым это часть России, то почему там проводится отдельный чемпионат по футболу?

РФС и РФПЛ существуют не в вакууме. Запрет на участие крымских футбольных клубов в чемпионате России был наложен УЕФА, которая не признаёт Крым частью России. Это решение обязательно для РФС, его игнорирование могло бы повлечь серьёзные санкции. Поэтому ему подчинились. При этом УЕФА не возражала против организации отдельной футбольной лиги в Крыму, как ранее не возражала против таковых на других спорных территориях (Косово).