Маленький нюанс: сознание человека не зависит от его системы верований.
И у атеистов, и у верующих сознание работает одним и тем же способом, поэтому нет никаких причин рассматривать сознание атеистов отдельно.
Является ли сознание человека сознанием животного - вопрос открытый. Я лично считаю что да, т.к. человек тоже является животным (ок, разумным, социальным и склонным верить в разную ерунду, но все равно животным), но я также допускаю существование мнения о том, что человек - это уже не совсем животное, и таким образом сознание человека не является сознанием животного.
С другой стороны, ни у одного животного не наблюдается каких-то признаков подсознания, а у человека оно есть. Ни одно животное (даже самые умные шимпанзе или дельфины) не в состоянии воспринять абстракцию, а мы абстракции не только воспринимаем, но и активно используем.
Это скорее говорит о том, что все таки у человека не животное сознание.
Дополняя оба ответа хотел бы предложить:
Так всё же, есть ли у человека инстинкты?
Предложенный мной ответ обновлен свежей новостью от ученых.
А ответ-болтовню по вопросу я дал в комментарии к вопросу )
Уместнее взглянуть на вопрос с другой стороны. Сторонники теории эволюции считают, что боговеры произошли от животных. Зато верующие считают, что эволюционисты созданы по образу и подобию божьему.
Если философия безбожника (атеизм) формирует в человеке сознание животного, то вот почему атеисты пришли к таким выводам, как материализм и теория эволюции.