Да, разные. И поддомен не наследует от домена ничего. Поэтому, например, при ссылочном продвижении учитывайте этот факт. Какова бы ни была ссылочная масса домена, субдомены уже ничего из этого не получат.
Это важно при региональном продвижении, поскольку может в разы увеличить бюджеты на продвижение.