Если опустить наукообразные определения, то сквозное шифрование - это шифрование трафика "на лету", от отправителя к получателю. И отправитель, и получатель не прилагают при этом никаких специальных услилий для того, чтобы этот трафик зашифровать/расшифровать, зато перехваченный трафик сложно поддаётся расшифровке.