НДС - это налог, который платят предприятия, работающие на ОСНО. Поэтому чтобы упростить себе жизнь, компании переходят на упрощенную систему налогообложения - на ней НДС платить не надо. Хотя даже компаниям на упрощенке придется платить НДС при импорте товаров или в некоторых случаях, когда они становятся налоговыми агентами и передают в бюджет НДС “за того парня” - своего контрагента.
Не очень понятно, как компания может торговать продукцией по себестоимости, в чем ее выгода? Возможно, вы имеете в виду что-то другое?