Бумажная, конечно, лучше.
Нейробиологи и когнитивисты утверждают, что информация запоминается лучше, если она поступает в виде комплекса ощущений. Вы листаете страницы, слышите шуршание бумаги, запах, ощущаете тяжесть книги, примерно знаете, в каком месте вы читаете... Вы помните, на какой странице нужная информация, и легко можете вернуться к ней при необходимости. В общем, взаимодействуете с книгой как с цельным объектом.
С электронной книгой такие ассоциативные связи не устанавливаются в принципе, то есть, богатые ассоциативные области мозга бездействуют.
Единственный плюс электронной книги - компактность и возможность таскать с собой полбиблиотеки. Разумеется, книга должна быть на Е-инк, всякие тфт и ипс - убийцы глаз.