сходите к неврологу, стоит сделать рентген шейного отдела и УЗИ сосудов шеи. возможно, если на этих исследованиях и при осмотре выяснятся какие-то нарушения, предложат МРТ шейного отдела. это все исключит возможность смещения позвонков от работы мануальщика.
если все хорошо, головные боли могут оказаться результатом непривычного перераспределения нагрузки на мышцы и связки после того, как мануальный терапевт проработал область шеи. но два месяца - великоватый срок.