Противоречие с точки зрения международного права существует только между принципом территориальной целостности государств и правом на самоопределение народов. Сепаратизм - всего лишь общий термин, который не имеет сам по себе негативной смысловой окраски (хотя его в такой форме часто употребляют).
Современное цивилизованное государство, в котором уважаются права граждан, должно иметь прописанный в основных законах механизм, определяющий процедуру отделения, как реализацию законного права народов на самоопределение и/или на самоуправление (то есть на отделение или более существенную автономию соответственно). Это может быть референдум, либо какой-то иной механизм.
В случае, если государство не позволяет гражданам реализовать свое право законным путем, граждане, очевидно, могут требовать реализации этого права доступными им средствами. Начинать, вероятно, имеет смысл с наиболее законных средств, а не переходить сразу к терроризму и военным действиям. Военные действия и терроризм, замечу, плохи не только тем, что при этом гибнут люди и разрушаются материальные ценности. Это еще и такой способ изъявления воли, при котором не все имеют право голоса. Так, малочисленная террористическая или военизированная группа может утверждать, что выступает от имени всего населения какой-нибудь территории, тогда как население этой территории, на самом деле, достаточно пассивно, и никому никаких прав на военные действия от своего имени делегировать совершенно не готово.
Так что лучший способ избежать каких-либо противоречий и конфликтов - заранее иметь механизмы для законной реализации прав граждан.