Если вы писали нотариальное обязательно на выделение долей именно в этой квартире, то в ней и надо было выделять. А раз уже продали и не выделили, то вы нарушили это обязательство и уже ничего не изменить.
Выделить детям доли в другой квартире, это только для успакоения совести. Живите спакойно и надейтесь что никто с проверкой не придет. Таких случаев очень много.