По опыту работы могу сказать, что посольство Германии в Украине требует объяснительную в свободной форме о причине неиспользования, при чем независимо от того, немецкая была виза или нет. Не думаю, что это разительно влияет на ход рассмотрения дела, но в Посольстве хотят знать, что вы не "злоупотребляете", я так думаю:) Как дела обстоят с другими странами шенгена -без понятия, каждая имеет свои заморочки.
P.S. Так было год назад, актуальность информации не гарантирую :)
Ничего плохого не произойдет, вопреки распространенному стереотипу. Совсем ничего. Самое плохое, что может случиться — в следующий раз вам не дадут долгосрочную шенгенскую визу. И то очень вряд ли.