Переварит. Я могу ошибаться, но желудочный сок способен растворить и яд и чешую и кости. Он растворяет даже железо, а тут органика. Пока кость твердая, она может поранить пищевод, но что с ней будет после нескольких часов купания в почти сорокоградусной кислоте? Многие млекопитающие едят добычу целиком, с костями и потрохами, и при том у них нет какого-то особенного состава в желудке. А про продукты жизнедеятельности змеи, так шпротам тоже перед конвеером не дают сходить по большому, да и не потрошат их- и все кушают, всем норм.
Интоксикация от чего, если проглотить какого-нибудь ужа?