Согласованию со сказуемым подлежит числительное, выражающее старший разряд. Здесь таковым является "два", вин.п. ж.р. "две (сотни)". Числительные остальных разрядов согласуются со старшим посредством род.п.
Поэтому "Численность оценивается в 290 ТЫСЯЧ особей".