В случае если отцовство не установлено мать сама в заявлении указывает желаемое отчество:
Федеральный закон от 15 ноября 1997 г. N 143-ФЗ "Об актах гражданского состояния" (с изменениями и дополнениями)
Глава II. Государственная регистрация рождения
Статья 18. Запись фамилии, имени и отчества ребенка при государственной регистрации рождения
...
Отчество ребенка записывается по имени отца, если иное не основано на национальном обычае.
В случае, если мать не состоит в браке с отцом ребенка и отцовство в отношении ребенка не установлено, имя ребенка записывается по желанию матери, отчество - по имени лица, указанного в записи акта о рождении в качестве отца ребенка, фамилия ребенка - по фамилии матери.
В случае, если по желанию матери, не состоящей в браке с отцом ребенка, сведения об отце ребенка не вносятся в запись акта о рождении, отчество ребенка записывается по указанию матери.
=====================================
Кстати, я был уверен, что отчество можно выбрать любое при согласии на то установленного отца, но нет, по закону, если отцовство установлено, то отчество обязательно от имени отца.
__
При желании можно написать в ЗАГСе заявление и оставить вместо отчества прочерк, если отцовство не установлено. В законе это явно не прописано, но на практике -- так.