Настоящий "четырёхлистный" клевер (а не с "раздвоенной" лопастью) тоже встречается, хотя и очень редко – примерно один на 10 000. Вызывать это действительно могут как соматические мутации (возникшие "при жизни" в клетках растения), так и мутации, попавшие в половые клетки, а значит, передающиеся по наследству (их носителей, вероятно, и использовали создатели "четырёхлистных" сортов). Хотя четырёхлопастный листик может появиться и из-за нарушений развития на обычном растении клевера (тогда остальные листики того же растения могут быть нормальными).
Если это мутация, то, скорее всего, это дупликация (удвоение) групп генов, отвечающих за формирование листа (группа генов H1 тут виновата, предполагают авторы этой статьи: https://dl.sciencesocieties.org/publications/cs/abstracts/50/4/1260). Кстати, дупликация генов играет важную роль в эволюционных процессах: иногда первоначальные копии генов используется, а дополнительные накапливают мутации и могут приобрести новую функцию. Так нототениевидные рыбки приобрели свой ген для "антифриза".Есть версия, что даже сердце позвоночных появилось благодаря дупликации (http://elementy.ru/novosti_nauki/432030/Svoim_serdtsem_pozvonochnye_obyazany_polnogenomnoy_duplikatsii).
Именно четырёхлистного практически не бывает, но бывает, что один из листиков расщепляется и получается "псевдо"-четырёхлистный. Но выглядит как настоящий.
Странно. Вот тут, например, говорится о мутации: